ساختار سازمانی موسسه پرتو مهر ساختار وظیفه‌ای می باشد که بر این مبنا، خدمات مشخص در واحدهای مشخص ارائه می‌گردند. ساختار سازمانی تعیین شده واکنش سریع به تغییرات را دارد و سرعت پاسخگویی را چندین برابر میکند که این امر برای سازمان‌های غیر دولتی فوق العاده مهم است.