با توجه به انسان محور بودن فعالیت های این موسسه و ارزش نیروی انسانی برای پیشرفت در امور موسسه حوزه نیروی انسانی در پرتو مهر امام رضا وظیفه گزینش نیروهای خبره و کارآزموده، جذب، آموزش و نگهداری جهت خدمت به فرزندان را دارد. در این واحد طبقه بندی مشاغل کارکنان تدوین می شود.عملکرد کارکنان و مدیران ارزیابی می شود. نظام جامع آموزشی کارکنان تدوین شده و به کارکنان ابلاغ می شود.از آنجا که نیروی انسانی مجموعه محور اصلی پاسخ به نیازهای فرزندان است توجه ویژه ای به بخش منابع انسانی شده است تا با شناخت درست از نیازها و ظرفیت های مجموعه در انتخاب،‌ مدیریت و تربیت نیروی انسانی اهداف موسسه را برآورده کند. لذا پرتو مهر اهمیت خاصی برای توسعه برنامه راهبردی برای بهبود و ساختن ظرفیت سازمانی و بهبود منابع انسانی خود قائل شده است.